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Nature发布复活草Oropetium thomaeum测序成果

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    发表于 2015-11-16 13:53:30 | 显示全部楼层 |阅读模式
           发布在11月11日《自然》(Nature)杂志上的一篇新研究论文,报告了Oropetium thomaeum几乎很完整的基因草图。Oropetium thomaeum是一种耐旱草类,在遭受极端干旱后当获得水分之时会再度生长。

           Donald Danforth植物科学中心研究人员及合作者,采用PacBio RS II测序系统以72x覆盖度分析了这一植物245 Mb的基因组。序列组装达到99.99995%的精度,包括了端粒和着丝粒序列、长末端重复序列反转录转座子、串联重复基因,和其他难于组装的基因组元件。
           通过Pacific Biosciences公司“世界上最有趣的基因组”资助项目测序这一植物,帮助科学家们确定了Oropetium thomaeum极端耐旱背后的生物学机制,这一知识有潜力应用于作物改良中。

           资深作者Todd Mockler说:“我们之所以会向PacBio提出测序复活草Oropetium thomaeum这一想法,是因为在草类中它具有最小的基因组。获得一种高度耐旱物种的基因组草图可非常强有力地推动作物改良,并为植物比较基因组学研究团队提供了一个有价值的资源。通过这次合作获得的信息是努力在不影响收益的条件下,持续提高重要粮食和能源作物在干旱条件下生存能力的重要一步。”

           这一草类之所以被称作为复活植物,是因为它能够在沙漠样的条件下存活;甚至在看起来毫无生气时,它仍然有三分之一的初始含水量。这种微小的C4草生长在非洲和印度部分地区的外露岩石上,与主要粮食作物、饲料作物和生物能作物亲缘关系密切,给予少量的水它就能复原,重新开始生长。这一Oropetium基因组序列将可以帮助了解新耐旱机制以实现有效、高产的农业土地利用。(转自生物通)


           参考文献:VanBuren R, Bryant D,, Michael TP, Mockler TC. Single-molecule sequencing of the desiccation-tolerant grass Oropetium thomaeum. Nature. 2015 Nov 11. doi: 10.1038/nature15714. [Epub ahead of print]


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