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NGS规范公开研讨会:聚焦保准规范制定及专业数据库平台

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    发表于 2015-11-18 13:04:37 | 显示全部楼层 |阅读模式
           2015年11月12-13日,FDA举办了“下一代测序(NGS)检测规范公开研讨会”。在为期两天的研讨会上,针对NGS基因检测,与会专家们讨论了哪些问题,有什么实质性的进展?

           NGS基因检测评估标准

           早在2015年9月,FDA就曾发布两份讨论文件,为该研讨会划定讨论主题。在其中一份关于制定NGS检测分析标准的讨论文件中,FDA就曾考虑到使用什么样的标准才能够保证NGS检测的准确性。该文件给出了三个方案:

           1. 使用“预定义标准”(performance standards);FDA或第三方制定出NGS检测需符合的具体标准和规范。FDA期望能制定出针对不同临床适应证的具体标准——这种检测的目的是什么,是为具有某种症状的人群进行诊断,为指导治疗选择,还是为筛选无症状人群服务的。

           2.“设计理念标准”(design concept standards);FDA或第三方会为开发者制定设计NGS检测时应遵从的标准,例如,确定检测的临床目的、需要的样品类型、测序仪器的局限性、可能影响扩增或测序的干扰物质、使用的参考基因组。

           3. 综合使用这两种标准对NGS检测进行审查。

           FDA体外诊断和放射健康办公室的David Litwack教授强调,讨论文件中的建议只是初步的想法,但他也表示,FDA希望能帮助制定和实施标准,以保证检测的质量。此外,FDA鼓励积极开发开源工具,以帮助开发人员能够更好地满足这些标准。

           尽管早期的反馈显示设计理念标准更受支持,但与会的讨论小组成员似乎赞同综合使用两种标准。

           规范术语

           在第一天的研讨会期间,小组成员提出:许多NGS相关的因素不规范,或没有统一的定义。不利于不同机构间的对接和标准化。

           FDA个体化治疗的高级职员Adam Berger说,“在基于NGS的基因检测领域,目前亟需解决术语的规范问题……,我们需要确保它具有足够的灵活性,以适应修正。”

           讨论小组的成员之一,Personalis公司的Deanna Church表示,需要对参照标准进行改进,以便进行跨实验室的比较。

           一些成员还表示,NGS开发商所做的内部验证应该公开化,以便更好地沟通其NGS检测的优势和弱点,确保其有效性。

           PrecisionFDA平台

           当天晚上,FDA推出了一个社区平台的内测版——PrecisionFDA,在该平台上,参与者可以分享NGS数据库和参照标准的生物信息学方法。

           专业数据库

           13日,研讨会小组专家讨论了如何使用专业数据库确定遗传变异的临床相关性,以及FDA如何使用这些专业数据库评估NGS诊断。

           NGS技术可以快速测序人类基因组,鉴定出大量的遗传突变。然而,就像国家人类基因组研究所Erin Ramos所说的那样,“我们检测遗传突变的能力远远超过解释这些突变对表型有哪些影响的能力”。为此,FDA一直在考虑如何使NGS检测服务商能够利用好专业数据库,为患者提供有临床意义或可操作的建议。

           在9月发布的”关于专业数据库使用“的讨论文件中,FDA希望在研讨会上讨论专业数据库需要符合哪些质量标准,以便将数据库作为NGS基因检测临床证据的参考。

           由于一些遗传变异发生频率较低,FDA认识到,不可能如预期那样,鉴定出足够多的具有相同基因型的个体,来证明特定变异的临床意义。对此FDA提出的解决方案是创建标准,以整合和注释基因数据库。

           在此之前,许多问题需要探讨,例如,如何保证数据库的质量,如何注释数据库,如何就不同数据库对遗传变异的解读不同进行对接。

           研讨会期间,小组人员在数据库管理者培训的具体标准等问题上未达成一致意见。无论如何,本次研讨会直面NGS基因检测领域所面的问题,从实际出发,从解决问题入手。截止到2015年11月25日,FDA可继续接受对这两场公开研讨会的意见。FDA还计划于2016年2月和3月再举办两场公开讨论会。最后,希望中国的相关部门或有关机构能够借鉴国外的经验,采取一定的措施切实推动基因检测在我国健康蓬勃的发展!(转自测序中国)

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