请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版
设为首页收藏本站

中科紫鑫

 找回密码
 立即注册

QQ登录

只需一步,快速开始

查看: 852|回复: 0

测序揭示玉米驯化过程中的序列变异

[复制链接]
  • TA的每日心情
    奋斗
    2016-8-2 09:30
  • 签到天数: 47 天

    [LV.5]常住居民I

    116

    主题

    140

    帖子

    1323

    积分

    金牌会员

    Rank: 6Rank: 6

    积分
    1323
    发表于 2016-4-13 13:11:43 | 显示全部楼层 |阅读模式
           华中农业大学张祖新课题组深入挖掘玉米改良过程中的转录组序列,丰富玉米转录组水平上的数据库资源,研究成果发表在近期的Molecular Ecology Resources上。

           墨西哥类蜀黍是种植性玉米的祖先,这种宝贵的种质资源在增强玉米遗传多样性的同时,也提高了玉米适应各种环境刺激的能力。然而,公共数据库中还没有全面的转录组和基因组资源,,这大大阻碍了墨西哥类蜀黍有利基因或等位基因的识别和利用。华中农业大学张祖新课题组深入挖掘玉米改良过程中的转录组序列,丰富玉米转录组水平上的数据库资源,研究成果发表在近期的Molecular Ecology Resources上。

          在这项研究中,研究人员通过Illumina paired-end测序对全球范围内的六个墨西哥类蜀黍种质进行转录组测序。采用从头组装获取了一个高质量的墨西哥类蜀黍转录组:平均长度为770bp,注释的unigenes占63.99%。

          研究人员发现,玉米和墨西哥类蜀黍中,大约75%的基因是高度保守的。此外,还发现1516个unigenes只在墨西哥类蜀黍中发生特异性表达,其中84个单基因被四个植物物种的基因模型支持。571个单基因位于玉米基因组的基因间区域。

          此外,研究人员还发现99个unigenes具有很强的选择信号,鉴定出57个unigenes具有大于1Ka/Ks的比值。暗示这些基因在玉米改良过程中可能承受了很强的选择性压力。最后,研究人员开发出11,286个基于unigene的引物对用于扩增简单重复序列(SSR)位点。

          本研究提供了一个全面的墨西哥类蜀黍转录组,一组在玉米驯化和改良过程中高度保守或分化的基因集,和大量可用的SSR引物对。这些结果有利于墨西哥类蜀黍比较基因组学和分子驯化的调查,也有利于墨西哥类蜀黍种质资源在玉米改良中的利用。(转自联川生物)


          参考文献:Jun Huang, et al. Characterization of the teosinte transcriptome reveals adaptive sequence divergence during maize domestication. Molecular Ecology Resources (2016). doi: 10.1111/1755-0998.12526.



    回复

    使用道具 举报

    您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

    本版积分规则

    QQ|手机版|小黑屋|中科紫鑫.  

    GMT+8, 2019-8-17 23:15 , Processed in 0.259450 second(s), 28 queries .

    Powered by Discuz! X3.2

    © 2001-2013 Comsenz Inc.

    快速回复 返回顶部 返回列表